Uma breve análise aos números e chegamos à conclusão que 1599, primeiro ano do reinado de Filipe III de Espanha (II de Portugal), foi um ano trágico na freguesia, não só pelo baixo número de baptimos (aproximação ao número de nascimentos), mas, sobretudo, pela elevada mortalidade verificada. E, esmiuçando um pouco mais os registos, concluiremos que, dos 29 óbitos registados em Alfena nesse ano, 27 ocorreram entre o início do mês de Setembro e meados do mês de Novembro, com elevada concentração nos lugares de Alfena (actual lugar da Rua) e Baguim, vitimando vários elementos de algumas famílias, alguns deles com menção expressa no registo da causa da morte como sendo «A Peste».⁽¹⁾

Esta Peste, também conhecida pela Peste Negra durante, a Idade Média, foi uma epidemia de Peste Bubónica que assolou Portugal nesse ano de 1599, sendo que a concentração da mortandade em Alfena foi, de tal forma, elevada que motivou uma referência expressa do monarca à freguesia: ⁽²⁾

“Dom Phelippe per graça de Deus Rej de Portugal E dos Algarues daquem E dalem mar em Affrica senhor de guine ett.ª faço saber a uós licenciado Simão do Vale Peixoto, Corregedor E Prouedor da comarqua da cidade do Porto que auendo respeito ao que os oficiais da camara da dita cidade me escreuêrão de como em alguns lugares do termo da dita cidade Vai o mal de peste em crescimento primcipalmente nos lugares dalfena E da Pica E que comuinha acodirse aos Imfermos E Impedidos com tudo o de que tivessem necessidade, E Vista a informação que me emuiaste de como não auia outra cousa mais conveniente de que podesem ser prouidos que do dinheiro do crescimentos das sisas da dita cidade Ej por bem E me apraz por os ditos oficiais da camara mo enuiarem assi pedir que eles possão despender do dinheiro dos crecimentos das cisas a conthia que Vos parecer que será necessária pera a cura E polimento dos enfermos E impedidos do dito mal, E pela mesma maneira se pagará o que per conta liquida achardes que he devido, E se gastou no Impedimento do lugar de Roriz, E huma E outra despesa leuareis em conta à pessoa sobre que o dito dinheiro for carregado em Recepta tomando a primeiro de como se despendeo.

Ell Rej nosso senhor o mandou pelos Doctores Damião daguiar. E Jeronimo pereira de sá ambos do seu conselho E Seus desembargadores do paço. Gaspar d’Abreu a fez em Lisboa a vinte E seis de Nouembro de mil E quinhentos e nouenta e noue. João da Costa a fez escrever. Jeronimo pereira de sá, Damiam de aguiar”

A amplitude deste episódio de peste foi de tal forma alarmante que a ermida em honra de São Roque, foi rapidamente construída, bem no meio do então «Rossio da Codesseira», sendo emitido alvará de licença para celebração de missa em Fevereiro de 1601, pouco mais de um ano após o episódio da Peste. ⁽¹⁾

A capela, simples, ainda hoje lá permanece, ali bem à margem da moderna N105, já do Rossio (ou praça larga e espaçosa) da Codesseira hoje pouco resta, mas esse é um tema que ficará para futura oportunidade.